ーPlease name the file 〇〇 when you send it to me.
「送る時にファイルを〇〇という名前にしてください」=「ファイル名は〇〇にして送ってください」
name は動詞だと「〜に名をつける・〜と名付ける」という意味になります。
ーPlease use/put your ID number and name on the file.
「ファイルにあなたのID番号と名前をつけてください」
ーPlease don't change the subject and reply to this same email.
「件名を変えず、この同じメールに返信してください」
subject で「件名」
to reply で「返信する」
ご参考まで!