「稀にある」という言い方は
only occasionally「ほんの時たま・ほんの折に触れて」
once in a blue moon「ごく稀に」
only .. every now and then「ほんの時折」
を使って表現できるかと思います。
「ごく稀だが起こる」と言うなら次のように言えます。
ーIt happens, but only occasionally.
ーIt happens, but only once in a blue moon.
ーIt only happens every now and then.
ご参考まで!
It can happen, though it’s rare.
It happens occasionally, but it’s uncommon.
質問の「稀にある」は、「めったにない(almost never)」と言い切りたいのではなく、
「ごく稀ではあるが、起こり得る(rare but possible)」という ある を残した言い方をしたい、ということですね。
英語で「稀にある」を自然に言うコツは、
「rare(稀)」+「can happen / possible(起こり得る)」をセットにすることです。