There has to be a config file somewhere.
「どこかに設定ファイルがあるはず」という、強めの確信です。日本語の「〜に違いない」にかなり近いです。somewhere を入れることで「どこかに」のニュアンスが出ます。
There’s no way it doesn’t exist.
「存在しないなんてありえない」という言い方です。no way はカジュアル寄りですが、エンジニア同士の会話ではよく使われます。もう少しビジネス寄りにするなら It can’t not exist. / It must exist. も使えます。