この場合、それぞれの生徒がそれぞれ自分の席に座るので、have a seat を使って言います。
複数であっても have your seats とは言いません。
その他にも次のように言えます。
ーPlease take a seat.
「座ってください」
to take a seat で「席に着く・腰をかける」
ーEveryone please sit down.
「みんな座ってください」
to sit down で「座る」
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
・Please have a seat.
＝「座ってください。」
※Pleaseをつけた方が丁寧になります。
・Everybody, please have a seat.
＝「皆さん、座ってください。」
（例文）Everybody, please have a seat. I'm gonna read a book.
（訳）皆さん、座ってください。私は本を読みます。
（例文）Everybody, please have a seat. We're gonna watch a movie.
（訳）皆さん、座ってください。私達は映画を見ます。
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Coco
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