In Mercari, the product's shipping fee was so expensive that I was only able to make a small profit.
ご質問ありがとうございます。
「利益が少ない」は英語で「small profit)と言えます。
また、「メルカリで売れた商品の送料が高かったので、利益が少なかった」の文章は英訳すれば、「In Mercari, the product's shipping fee was so expensive that I was only able to make a small profit.」になります。
ご参考になれば幸いです。