Was it the first time you've seen them in a while? How long has it been?
ご質問ありがとうございます。
もっと短くするために「お友達」をthemに訳してしまいましたが、your friendにも訳せます。
「そのお友達とは久し振りに会ったのですか?」の他の疑問文はHad it been a long time since you'd seen your friend?です。
そして、how long has it been?とhow long had it been?に対しては今回どっちでも使えます。
ご参考になれば幸いです。
Did you meet that friend after a long time? Since when?
「Did you meet」は「会いましたか?」という意味で、過去の出来事を尋ねる表現です。
「that friend after a long time」は「そのお友達とは久しぶりに」という意味です。「after a long time」は長い期間が経過した後を示す表現です。
「Since when?」は「いつ以来ですか?」という意味で、前回会った時期を尋ねています。