I hope it wasn't too much of a trouble that we stayed here until the late hour.
I hope we didn't inconvenience you too much by our long stay.
ご質問ありがとうございます。
① "I hope it wasn't too much of a trouble"=「あまりご迷惑ではなかったことを願っています」
"that we stayed here until the late hour."＝「遅い時間まで私達がここに居たということによって。」
② "I hope we didn't inconvenience you too much"＝「あまりあなたにご迷惑を私達がおかけしなかったと良いです」
"by our long stay."＝「私達が長く居たことによって。」
ご参考に。
アメリカ合衆国 
