It's been great knowing you. Thanks for everything.
Thanks for all the great lessons these last two years.
どういう状況で言うのかはわかりませんが、例えば学校や職場の誰かに言うなら次のように言えます。
ーIt's been great knowing you. Thanks for everything.
「あなたに出会えてよかったです。いろいろありがとう」
もし先生に言うなら、次のように言えます。
ーThanks for all the great lessons these last two years.
「この２年間素晴らしいレッスンをありがとう」
ご参考まで！
カナダ 
