もちろん、～であると理解していますがって英語でなんて言うの？

ご質問ありがとうございます。 "Of course"を使うのが失礼にあたる場合もありますが、その文脈や声質などにより必ずしも失礼な印象を相手に与えないときもあると思います。 "Of course"を使わない場合で考えられるのは"Certainly, ...." あるいは、"Yes, I certainly understand that...."、"Yes, I certainly do understand that..." （この場合の"do"は"understand"をより強調する役割を果たします）などがあります。 ご参考に。