"keep ~ up"
「~を続ける」「~が続く」という意の表現です。最も一般的なのはスポーツなどに関し"keep your strength up"、つまり「体力が続く」などと具体的なものを指すために用いることですが、「モチベーション」「気持ち」などといった抽象的な表現にも持ちいることが出来ます。(なおモチベーションはそのまま英語で"motivation"です。意に違いはありません)
また最もシンプルにちょっと原文をとらえ直して"you lose your motivation sooner or later"、つまり「いずれモチベーションがなくなる」と表現することも出来ます。"sooner or later"は「いずれ」「いつか」を意味する言い回しです。どこかしらで目にしたことはある表現なのではないでしょうか。
二つの言い方共に最終的なニュアンスはさして変わらないので、好みで使い分けましょう。
「モチベーションが続かない。」は、
"My motivation doesn't last."
"I can't get motivation to last."
"It's hard to stay motivated to do something."
などの表現を使うことも出来ます。
"last"は、動詞で「続く・持続する」という意味です。
"It's hard to stay motivated to learn English."
「英語学習のモチベーションが続かない。」
ご参考になれば幸いです。