If left unused for 5 minutes, the chat marker turns red.
ご質問ありがとうございます。
「席を離れて5分経ったらチャットのマークが赤色に変わる」は英語で「If left unused for 5 minutes, the chat marker turns red.」と言えます。
確かに「席を離れて」を英語にすると「leave one's seat」になりますが、この場合、「left unused」の方が適切気がします。なぜなら、パソコン使っている人は別件対応していますので、チャットはすぐ対応できないかもしれません。そうすると、本当に席を離れていません。
「If left unused」は「チャットシステム使用せずに」という意味です。
もし、あくまで「席を離れて」という表現を使いたいなら、「If one leave's their seat for 5 minutes, the chat marker turns red.」になります。
ご参考になれば幸いです。