ご質問ありがとうございます。
"I couldn't disagree (with him)"という言い方もできます。
他のフレーズも書いておきます:
① "I couldn't say no."=「ダメ、とは言えなかった。」
② "I couldn't object to his wish."=「彼の願いに反対出来なかった。」
③ "I wanted to oppose the idea, but I couldn't."=「(その)アイデアに反対したかったが、出来なかった。」
ご参考に。
ーI couldn't go against his wishes.
「彼に反対できなかった」
to go against someone's wishes で「人の希望に反対する」
ーI couldn't really say anything about it.
「それについてあまり何も言えなかった」=「反対できなかった」
このような言い方も自然ですよ。
ご参考まで!