If the documents are laid down flat and stacked up, you won't be able to tell them apart, so it's better if they are stored upright.
ご質問ありがとうございます。
「書類は立てて収納しています」はそのまま英語で「The documents are stored upright.」と言います。
また、少し長くなりますが、「書類は寝かせて重ねるとわからなくなるので、立てて収納するようにしています。」と説明したいなら、「If the documents are laid down flat and stacked up, you won't be able to tell them apart, so it's better if they are stored upright.」という風に言えます。
ご参考になれば幸いです。
I try to stand documents on their end, so they're easier to read.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI try to stand documents on their end, so they're easier to read.
「見やすいよう、書類を立てるようにしています」
to stand documents on their end で「書類を立てる」と言えます。
ご参考まで!