書類は寝かせて重ねるとわからなくなるので、立てて収納するようにしています。
ご質問ありがとうございます。
「書類は立てて収納しています」はそのまま英語で「The documents are stored upright.」と言います。
また、少し長くなりますが、「書類は寝かせて重ねるとわからなくなるので、立てて収納するようにしています。」と説明したいなら、「If the documents are laid down flat and stacked up, you won't be able to tell them apart, so it's better if they are stored upright.」という風に言えます。
ご参考になれば幸いです。