I take the third train to work after they start running in the morning.
I catch the third train to work every morning.
「始発から」も入れて言うなら、次のように言えます。
ーI take the third train to work after they start running in the morning.
「始発から３番目の電車に仕事に行きます」
ーI catch the third train to work every morning.
「毎朝（始発から）３番目の電車に乗って仕事に行きます」
このように言っても「始発から３番目」のニュアンスになりますよ。
毎日の習慣のことを言っているので、現在形を使って言います。
ご参考まで！
こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば以下のような英語表現はいかがでしょうか：
I get on the third train of the day.
始発から3番目の電車に乗ります。
I get on the third-earliest train.
始発から3番目の電車に乗ります。
「始発電車」は first train や first train of the day のように表現することができます。
「3番目」は third なので、上記のように言うことができます。
ぜひ参考にしてください。
カナダ 
アメリカ合衆国 
