The train starts from -- station
〜駅から出発する電車
The train runs from --station
〜から走る電車
また、以下のように文章で表現しても良いでしょう。
"Tokyo" is the starting station for that train.
その電車の始発駅は「東京」です。
「始発」というのはすでに「一番早く出発する電車」という意味していますので、
「The first train」だけで表現できます。
「◯◯駅」は単純に「◯◯Station」と表現します。
「Depart」というのは「出発する」という意味です。
まとめて言いますと、「The first train from ◯◯ station」、
「The first train departing from ◯◯ station」
の二つのフレーズで表現できます。
日本 
シンガポール 
