The manga inside is totally different from the cover.
ご質問ありがとうございます。
「中の漫画」を直訳するとthe manga insideになります。でも、もっと自然な言い方はthe actual mangaです。他の訳し方はthe art insideです。これが特にいい理由は「表紙の絵」はcover artと言えます。
例：The art inside and the cover art are totally different.
ご参考になれば幸いです。
The art inside the manga is completely different compared from the cover.
"中の漫画の絵が表紙と全然違う"
- The art inside the manga is completely different from the cover.
- The manga art is completely different from the cover art.
中の漫画の絵が表紙と全然違う。表紙だけ絵が上手い。
- The art inside the manga is completely different from the cover. Only the cover art is good.
アメリカ合衆国 
