ーThe joint in my shoulder makes a cracking sound.
「肩の関節がコキコキなっている」
関節の音は a cracking sound を使って表現できます。
ーThe joint in my shoulder keeps cracking.
「肩の関節がコキコキ鳴る」
to keep cracking のようにも表現できますよ。
例：
I have a really stiff neck and shoulders, and the joint in one of my shoulders makes a cracking sound.
「肩こりがひどくて、片方の方がコキコキなっている」
ご参考まで！
カナダ 
