When comparing the percentages of all the prefectures, the highest percentage of women who went on to major in science in university was Okayama prefecture at 39.6%.
ご質問ありがとうございます。
"When comparing the percentages of all the prefectures,"＝「全ての都道府県のパーセンテージを比較すると」
"the highest percentage of women who went on to major in science in university was"＝「大学で理学部を専攻とする女性のパーセンテージが最も高かったのは」
"Okayama prefecture at 39.6%."＝「39.6％の岡山県だった。」
ご参考に。
アメリカ合衆国 
