この場合、次のような表現ができます。
ーMy ex-boyfriend and I had a clean breakup and now we're still friends.
「元カレと後腐れなく別れたので、今でも友達です」
to have a clean breakup で「後腐れなく別れる」と言えます。
ーIt's nice when people can end things smoothly when they quit their jobs, but this doesn't always happen.
「仕事を辞める時に後腐れなく辞めれると良いが、必ずしもみんながそうとは限らない」
to end thing smoothly で「後腐れなく（物事を）終える」
ご参考まで！
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問にある状況で『後腐れなく別れる』というのであれば、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
We ended our relationship on a good note.
『私たちの関係を後腐れなく終わらせました。』
I left the company on good terms.
『私は円満退社しました。』
というように言えます。
on a good note は、『気分よく、すっきりと』、on good terms は、『良い間柄で、良好な関係で』と言う時によく使われる表現です。
参考になれば幸いです。
カナダ 
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