ご質問ありがとうございます。
「あなたの甥は誰の子供ですか」と聞きたいなら、英語で「Who is your nephew's parents?」と言えます。
また、別の言い方で「Is your nephew your brother's son or your sister's son?」と言えます。
ご参考になれば幸いです。
この場合、次のような言い方をすると良いでしょう。
ーHow are you related to your nephew?
「あなたの[甥](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/52363/)とはどういう関係ですか？」
ーIs he your brother's kid or your sister's kid?
「彼は（甥は）あなたの兄弟の子供ですか？それともあなたの姉妹の子供ですか？」
ご参考まで！
アメリカ合衆国 
カナダ 
