A recent survey conducted by XX at Tokyo University shows that...
ご質問ありがとうございます。
byは当てますね。でも、上記の英文みたいにXXのところに東京大学の誰かを入れることが多いです。conducted by Tokyo Universityで「東京大学が行った」の意味になりますが、このニュアンスで「東京大学の経営・運営」の意味になります。例えば、科学部が行ったらconducted by the biology department at Tokyo Universityとconducted by Tokyo University's biology departmentになります。
ご参考になれば幸いです。