ご質問ありがとうございます。
Yutaroさんの２つの英文の中に「Put carbonated water into the bottle」の方が正しいですが、1つ目の「Put carbonated water in the bottle.」はネイティブスピーカーでも言う気がします。
文法的に「Put carbonated water into the bottle」はベストですが、話し言葉で「Put carbonated water in the bottle」で問題ないと思います。
ご参考になれば幸いです。
「炭酸を水筒に入れる」ことは次のように言えます。
ーto put carbonated water in a bottle
in を使うと良いでしょう。
ーto fill up a bottle with carbonated water
to put in a bottle の代わりに to fill up a bottle のようにも言えますよ。
例：
I fill up my water bottle with carbonated water before I go to work every morning.
「毎朝仕事に行く前に、水筒に炭酸水を入れる」
ご参考まで！
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