"She makes a mess with her toys."
"she" 「彼女は」
"makes a mess with ~" 「〜を散らかす」"makes a mess of ~" も言えます。
"her toys" 「彼女のおもちゃ」
"She messes up her toys."
"messes up ~" 「散らかす」でも 「汚す」の意味もあります。上の文の方が適切です。
ご質問ありがとうございます。
「散らかす」は英訳すると「scatter around」や「leave untidy」や「make a mess」と言います。
「mess up」という単語は「間違う」や「失敗する」という意味ので、この文脈でそのまま使えませんと思います。
もし、「make a mess」は構わないであれば、そうすると、「she makes a mess with her toys.」という風に言えます。
ご参考になれば幸いです。