I'm going to let the machine vacuum up the phlegm.
You might have to cough, because it's a bit tough.
ご質問ありがとうございます。
"I'm going to let the machine vacuum up the phlegm."=「機械に痰を吸引させます。」
"You might have to cough, because it's a bit tough."=「咳をしなければいけないです。なぜなら、少ししんどいので。」
追加フレーズ:"But it'll be over very soon."=「でもすぐ終わります。」
ご参考になると幸いです。