Make sense?と言われたときって英語でなんて言うの？

こんにちは！
ご質問ありがとうございます。

Does it make sense?という質問は「あなたに意味が通じていますか？」又は、「分かりますか？」という意味です。

I make senseというと、「私が（言っていること、行っていること）は理にかなっている」という意味になってしまうので、この文脈ではIt makes sense 又はIt does＝「それは分かります」が正しい返事になります。

ご参考までに。

to make sense で「意味をなす・道理にかなう」という意味なので、I make sense. だと「私は意味をなす」になってしまいますね。
この場合は、It make sense. と言うのが正しいです。
この他にも、説明などを理解できた時は、次のように言うと良いでしょう。
ーI get it.
「わかりました」
ーI think I see how it works.
「どうやって機器が動くかわかりました」

ちなみにこのアメリカ人は、次のように聞いたのかもしれませんね。
ーDoes this make sense?
「これが（機器の説明）理解できましたか？」

ーDo you see how it works?
「（機器が）どのように動くか理解できましたか？」

ご参考まで！