こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Her face and gestures are so cute; the fly in the ointment is her violent temper.
として、『彼女の顔も仕草もとっても可愛いのだが気性が荒いのが玉に瑕だね。』とするのはいかがでしょうか。
the fly in the ointment は、日本語で言う『玉に瑕』に近い表現で、コヘレトの言葉 『死んだはえは、香料を造る者のあぶらを臭くする』からきているようです。
参考になれば幸いです。