Tokyo Disney Land is not actually located in Tokyo.
この場合、次のように言えます。
ーTokyo Disney Land is not in Tokyo.
「東京ディズニーランドは東京にない」
ーTokyo Disney Land is not actually located in Tokyo.
「東京ディズニーランドは実際は東京に位置していない」=「東京にない」
例:
Tokyo Disney Land is not actually located in Tokyo. It's in Chiba which is the next prefecture over from Tokyo.
「東京ディズニーランドは東京にありません。東京の横の千葉にあります」
ご参考まで!