"Duty free is done on a shop by shop basis."
"duty free" 「免税は」"tax free" や "duty free services" も言えます。
"is done on a shop by shop basis" 「お店毎に行っています」"shop" の代わりに "store" も言えます。
"Some shops do duty free, and some do not."
"some shops do duty free" 「免税を行う店もある」
"and some do not" 「行っていない店もある」
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Whether a shop is tax free or not depends on the shop.
ご質問ありがとうございます。
「免税は」=「tax exemption」や「tax free」
「お店毎に」=「each shop」
「行っています」=「is conducted by」
この表現を直訳すれば、「Tax exemption is conducted by each shop.」になります。この言い方は文法的に間違っていませんが、ちょっと不自然です。
「Tax exemption depends on the shop.」の方が的確だと思います。
「depends on」は「お店によって」と言う意味があります。
後は、「Whether a shop is tax free or not depends on the shop.」もいいです。
「whether... or not...」は「〜かどうか」と言う意味があります。
ご参考になれば幸いです。