同じ会社ですが、店舗によってサービスが違います。って英語でなんて言うの？

The service they provide is different depending on the store. お店によって提供しているサービスが違います。 Some (stores) offer duty-free but some don't. 免税対応のお店もありますが、そうでない店舗もあります。 ポイントは"depend on"「〜次第」という表現で、幅広く使えます。