I know this is true, but I'm having a hard time getting my head around it.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI'm still having trouble believing that.
「まだそれを信じるのに苦労している」=「まだ信じられずにいる」
ーI know this is true, but I'm having a hard time getting my head around it.
「これが本当だとはわかっているけど、それを理解するのに苦労している」=「信じられないでいる」
ご参考まで!