何の略称かって英語でなんて言うの？

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーWhat does JFK stand for?
「JFKは何の略語ですか？」
to stand for で「…を表す・…の略語である」

ーWhat do the letters JFK represent?
「JFKという文字は何を表しますか？」
to represent で「…を表す・意味する」

ご参考まで！