入学おめでとう　って英語でなんて言うの？

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーCongratulations on getting into university!
「大学入学おめでとう！」
Congratulations on getting into ... で「…入学おめでとう」と言えます。

ーCongratulations on your acceptance to Tokyo University!
「東京大学入学おめでとう！」Congratulations on your acceptance to ... で「…入学おめでとう」とも言えます。

ご参考まで！

ご質問ありがとうございます。

「入学おめでとう」は英語で「Congrats on enrolling in school!」になりますが、そういう表現はあまり使わない気がします。
それより、もっと自然な言い方で「Wishing you the best academic success!」でも大丈夫と思います。
（教育の）成功を願っています」というニュアンスを持っています。

ご参考になれば幸いです。