I would like to express my gratitude in making an exception to my change in reservation.
ご質問ありがとうございます。
「この度は、例外的に[予約変更](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/33410/)の対応をしていただき感謝いたします」と言いたいなら、英語で「I would like to express my gratitude in making an exception to my change in reservation.」と言えます。
ご参考になれば幸いです。