I would like to express my gratitude in making an exception to my change in reservation.
ご質問ありがとうございます。
「この度は、例外的に[予約変更](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/33410/)の対応をしていただき感謝いたします」と言いたいなら、英語で「I would like to express my gratitude in making an exception to my change in reservation.」と言えます。
ご参考になれば幸いです。
Thank you very kindly for making an exception in allowing me to change my reservation.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーThank you very kindly for making an exception in allowing me to change my reservation.
「例外的に予約変更を許可していただき心から感謝します」
to make an exception 「例外を認める・許可する」
ご参考まで！
Thank you for making an exception and changing my reservation.
I appreciate your flexibility in handling my booking change as an exception.
「例外的に」は make an exception（例外を作る）という表現を使うのが最も自然です。また、相手の柔軟な対応に対して appreciate your flexibility（柔軟な対応に感謝します）と言うと、より洗練された印象になります。
・Thank you for making an exception and changing my reservation.
（この度は例外的に予約を変更していただき、ありがとうございます。）
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