棚の中よりむしろ上に本を置いてしまう　って英語でなんて言うの？

rather than の後ろに on the shelves を持ってくることはできますよ。
その場合は、次のように言えます。

ーI tend to put books back on top of my bookcase rather than on the shelves.
「棚の中よりむしろ本棚の上に本を置きがちだ」

ご参考まで！

ご質問ありがとうございます。
・「I tend to put the books on top of the shelf rather than on the lower part of the shelf.」

（意味) 棚の中よりむしろ上に本を置いてしまう

<例文>I tend to put the books on top of the shelf rather than on the lower part of the shelf because I'm lazy.

<訳>めんどくさがりやだから棚の中よりむしろ上に本を置いてしまう

参考になれば幸いです。