まずご質問の日本を英訳してみます。
ーThe Nipponmaru is a Japanese ocean liner.
「日本丸は日本の客船です」
ーNozomi is the fastest bullet train in Japan.
「のぞみ号は日本で最速の新幹線です」
ーThe Eiffel Tower is a famous landmark in Paris.
「エッフェル塔はパリで有名なランドマークです」
ーThe A hotel is a popular hotel in New York.
「Aホテルはニューヨークで人気のホテルです」
上の4つの英文で、the がつかないのはのぞみ号だけで、これはのぞみ号がいくつもあるからです。これに対し、日本丸（特定の一隻の船を言っていることを前提）、エッフェル塔、Aホテルは世界に1つしかありません。
固有名詞に the をつけるかどうかに厳密なルールがあるわけではなく、曖昧な場合や例外などもありますが、通常1つしかないものを強調したい場合は the をつけ、いくつもあるものはつけないと考えると良いでしょう。
ご参考まで！
カナダ 
