Please put your empty capsules in the basket next to the machine.
You can leave your empty plastic containers in the box.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーPlease put your empty capsules in the basket next to the machine.
「空のカプセルは機械の横のカゴに入れてください」
何の隣かが書かれていませんが、例えばガチャガチャの機械の隣のカゴのことなら、このように言えます。
ーYou can leave your empty plastic containers in the box.
「要らない空のカプセルは箱に入れてください」
中身だけでなくカプセルも欲しい人がいるかもしれないので、このような言い方もできます。
ご参考まで!