Since it can stain, put the umeboshi pit in the bottom compartment once you're done eating it.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Since it can stain, put the umeboshi pit in the bottom compartment once you're done eating it.
とすると、「色移りするので食べ終わった[梅干し](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/37447/)の種は下の段に入れて」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
stain 染みを付ける
参考になれば幸いです。