聞いてくれてありがとう！って英語でなんて言うの？

Thank you for asking.は
訊いてくれてありがとう。
心配してくれてありがとう。
お気遣いありがとう。
で使われますので、不自然じゃありません。

例: 飲み物を勧められたり、大丈夫？ときかれた際に
No I am fine. Thank you for asking.
「大丈夫、訊いてくれてありがとう」

切り上げる際にも不自然じゃありませんが、
もう一言二言付け足しても良いと思いますよ。

例
Thank you for asking. It's good practice to me. I will see you later.
訊いてくれてありがとう。良い練習になります。ではまた後で。

Thank you for asking.
聞いてくれて（質問してくれて）ありがとう！

もっとも一般的かついろいろな場面で使える表現ですし、質問者様のおっしゃる場面で使われてもまったく不自然ではありませんよ。
また補足ですが、質問してくれてありがとう。とは別に、
悩みごとやその日にあったことを誰かにシェアしたくなった場合に
「聞き役になってくれてありがとう」という意味合いでは
Thank you for listening.
（話を）聞いてくれてありがとう。

となりますので一緒に覚えてみてください！

「質問してくれてありがとう」という言い方もできます。
２行目はそれにあたります。

お力になれたら嬉しいです。