I wish〜は「〜と願う、〜を望む」。事実に反することを願う時には、この表現を使います。I hope〜も同じ意味ですが、特に将来、未来について願う時に使われ、willやcanと一緒に使われることが多いです。
"this had been〜"と過去完了形になっているのは、現時点でもうすでに起きてしまっている事、過ぎてしまった事に対して言っているためです。
"just a dream"で、「ただ」夢であって欲しい、と強調しています。
want A to Bは「AにBして欲しい、AがBであって欲しい」ということです。