Please make sure (that) there is nothing left in the bowl.
Please make sure (that) ~.
で、that以下のことをどうぞよく確認してください。というフレーズです。(thatは省略可)
物がある、人がいるは、
There is/are ~を使った構文を使って表すことができます。
ここでの left(leave の過去分詞)は、「残された」という意味ですが、形容詞化されてnothingにかかっています。
ヘンな日本語にはなりますが、
nothing left =残された何もないモノ、
There is nothing left in the bowl. =ボールの中には残された何もないモノがある。=ボールの中には何もない。
というイメージです。
このように、nothing や none、nobodyといった否定語が主語になる言い回しが英語には多いですね。。