回答
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Her nails were pretty, but her hands looked rough which made me have a weird feeling.
Her nails were pretty:爪はきれい・かわいくされていた
but her hands looked rough :ごつごつしたような荒い感じに見えた
which made me have a weird feeling.:違和感があった。
回答
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It looks weird because though my nails are clean, my fingers are bony.
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It will seem strange with my big bony fingers having polished nails.
bonyとは骨っぽいと言う意味になりますが一般的に骨が分かる肉付きは細いと言う事になります。そのため一文目では細い指になりますが「ゴツゴツ」とは男性の様な骨も見える大きながっしりした手の場合は二文目のbig bony fingersになります。
clean nailsは綺麗な爪、polished nailsは磨かれた爪です。