ピンと来ないって英語でなんて言うの？

自分の理解が追い付いていない時に使う、とても便利な表現ですね。
英語では、「I don't get it.」が一般的です。

他の候補
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I'm confused.
I'm not understanding.
I don't get what you're saying.
Could you repeat that in simpler terms?（←「今のをもう一度、より分かりやすい形で説明してもらえませんか？」）
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また、直前に、「I'm sorry, but...」、「Wait...」、「Hold on...」などを入れると、
会話のテンポ的により自然になります。

例文：
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Accelerating molecules to lightspeed could be described as the final scientific crux for mankind.
粒子を光速まで加速するのは、物理学にとって最後の砦とも言える。

I'm sorry, but I don't quite get it.
・・・すみません、ちょっとまだピンと来てない。
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And that's why, scientifically speaking, the sky is blue.
・・・という化学的根拠を元に、空が青いのだ。

Wait, could you repeat that in simpler terms?
ちょっと待って。今のをもう一度、より分かりやすい形で説明してもらえないかな？
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Point で要点、ピンとこないのピンの部分になります！

まあ、一つ目の例が一番使いやすいと思いますので、still で強調して使いましょう！

訳は「なんかもうすぐ分かりそうなんだけど、完全じゃない」。close to ~ingは、もうすぐ～しそうという意味。

「単にわからないというと、せっかく説明してくれたのに申し訳ないな」と思ってしまう、「頑張って理解しようとしてる」という気持ちはこれで伝わると思います^^。