「自然に覚えていった」からといって、
learn naturally という表現を使えばいいかというと、それはnatural （自然）ではないですね（笑）
「自然に言語を覚える」という表現は、pick up を使います。
pick up は、もともと「拾う」という意味から来ていますので、
人が言ったり、商品などに書いてあるのを、拾って覚えた ということで、学校や本などで意識的に学ぶのではなく、生活の中で覚えた ということです。
ですので、
「自然に英語を覚えていったということですか？」は
You mean you picked up English?
です。
(mean 意味する）
（これは、カジュアルな言い方で、きちんとした疑問文にはなっていませんが、もちろん、普通に疑問文で）
Do you mean you picked up English?
といってもＯＫです。
ご参考になりましたら幸いです。
いくつかの表現が考えられますが、例えば、 Did it feel like you learned it naturally? 「自然に覚えていったという感じですか？」
また少し変えて、 Did you pick it up naturally over time? や Did it come to you naturally with time? というようにも表現できます。
役に立ちそうな単語とフレーズ：
feel like: 〜のように感じる
learned: 学んだ、覚えた
naturally: 自然に
pick up: 身につける、覚える
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