Line them up from the larger ones to the smaller ones.
こんにちは。
「並べる」は line up と訳せますが、この場合は単に put「置く」でも良いと思います。
「大きい順に」は from largest to smallest（一番大きいものから一番小さいものの順）と表現できます。
the larger ones to the smaller ones（大きなものから小さなものの順）とも言えます。
ぜひ参考にしてください。
・「並べてください」は
"place"や "put"を使って
「置いてください」という言い方で良いと思います。
・「大きい順に」は
"in descending order" (降順で） に "in size"を付ければ
「サイズの大きい順から」となります。
・もっとシンプルな単語を使って
"from larger ones to smaller ones"
（大きいものから小さいものへ）
と言っても良いかと思います。
お尋ねの例文は
Please place the medical instruments in descending order
in size from the back to the front of the cart.
（医療器具をカートに奥から手前に大きい順に並べてください）
(小さい器具の場合は"equipment"を複数でも使います）
としてはいかがでしょうか。
ご参考になれば幸いです。
英会話講師のKOGACHIです(^^)/
おっしゃられている内容は、
Put them from largest to smallest.
「一番大きいものなのから一番小さいものへと並べる」
または
Put them in order of size.
「大きさの順番に並べる」
のように表現しても良いと思います(*^_^*)
以上ですm(_)m
少しでも参考になれば幸いです(#^^#)
お困りの時は、いつでも気軽にご質問ください(^0^)/
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