この代名詞itは何を指しますかって英語でなんて言うの？

「指します」＝「refer to」 「何を」は単純に「What does ～?」になりますが、先生が話している場合、「Do you know what ～？」や「Can you tell me what ～？」という言い方を使った方が優しいと思います。

「指します」の表現に相当する英語フレーズは「refer to」です。 「What does ～?」は「何を」という形で一般的に使われますが、先生の立場から見て、「Do you know what ～？」や「Can you tell me what ～？」という形を用いるとなると学生に対して優しく問いかける表現になります。 ご参考になれば幸いです。