I really understand how you feel, but I'm not comfortable with your LINE messages.
★【変換ポイント】状況からすると、まず、
①あなたの気持ちはよく分かるよ→ I really understand how you feel
②でもそういうメッセージを読むのは私も気が進まない→but I'm not comfortable with
your LINE messages.
ということを伝えるとよいと思います。その後に、例えば、Let's talk when you're feeling better. (ちょっと気持ちが落ち着いたら話そうね)みたいなことを付け加えるとよいかもしれませんね。
参考にしていただけますと幸いです☺