「1000ポイント毎使えます」
(1) You can use points in increments of 1000.
(2) Points can be used in increments of 1000.
「~単位で」といのは、in increments of~と言います。
(1)は現在形の文で、(2)は受身形となります。
また、usable(利用可能な)という言葉を使ってこのようにも言うことができます:
Points are usable in increments of 1000.