違和感の正体がわかったって英語でなんて言うの?
なにかモヤモヤして言葉にできなくて、でもある時突然はっとその違和感が理解できたという状況です。
回答
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I suddenly had a clear idea of what that sense of strangeness was.
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I suddenly got to know what that sense of strangeness really was.
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I suddenly realized what had been causing that sense of strangeness.
回答文1と2は、ほぼ同じで、「その違和感(that sense of strangeness)が何であるか突然理解した。」ということです。
回答文3は、少し違って、「何がその違和感を引き起こしていたのかを突然悟った。」ということです。
実際の状況に応じて、どちらかを参考にしていただけると幸いです。