It's been awhile since I last saw you with black hair.
I missed your black hairは、とてもナチュラルで良いコメントだと思います。
他にもこのシチュエーションで使えそうなカジュアルな表現を紹介しますね:
I missed seeing you with black hair. (黒髪のあなたの姿を見たかった。)
It's been awhile since I last saw you with black hair. (黒髪のあなたを見るのは、久しぶり!)
友達が髪色を黒に変えたことで、自分が「嬉しい!」という気持ちを伝えたい時は、I'm so happy to see you with black hair. でも良いかと思います。
髪色を黒に変えて、「ホッとした」というニュアンスを伝えたい時は、I'm relieved to see you with black hair. でも良いかもしれません。
少しでもお役に立てれば幸いです。
ありがとうございました。
ご質問ありがとうございます。
・「I missed your black hair. 」
(意味)黒髪が見たかった
<例文>I missed your black hair. This hair color suits you really well.
<訳>黒髪が見たかった。この髪色本当によく似合っています。
参考になれば幸いです。