Please don't make payment for this bill, as you overpaid an amount exactly equal to this one on (日付).
「[相殺する](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/72032/)」という英語を直接使わない言い方です。
一番言いたいのは、
Please don't make payment for this bill,(この請求書に基く[支払い](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/34802/)をしないでください)
ということなので、それを最初に言います。
過去の過払いに限らず、すでに支払い済みのものについて[請求書](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36500/)や確認書が後付で出される場合、間違いを避けるためにこのように最初にストレートに言うことがよくあります。
後半は「同金額を過払いしたので」という意味ですが、最後にその日付を書いてあげれば相手が容易に確認できます。
日付と一緒にその時の請求書番号なども書いてあげるとさらに親切ですね。